이나즈마를 탐험하다 보면 번개 결계로 막혀 있는 곳을 종종 볼 수 있다. 번개 결계에는 초급, 중급, 상급의 3단계가 있으며, 결계의 단계는 육안으로 구분할 수 있다.

번개 결계는 번개 씨앗을 가진 상태에서만 통과할 수 있으며, 결계 등급에 맞는 레벨의 번개 씨앗을 가지고 있어야만 통과할 수 있다. 번개 씨앗 레벨은 나루카미 다이샤에 있는 신성한 벚나무에 번개의 인장을 공양해서 올릴 수 있다.

초급 결계는 처음부터 통과할 수 있으며, 중급 결계는 벚나무의 가호를 17레벨까지 올려서 번개 씨앗의 레벨을 6으로 만들어야 통과할 수 있다.



상급 결계는 벚나무의 가호를 37레벨까지 올려서 번개 씨앗의 레벨을 12로 만들어야 통과할 수 있으나, 2.0 버전에서는 벚나무의 가호 레벨이 20레벨로 제한되어 있다. 그렇기 때문에 상급 결계는 2.0 시점에서 통과할 수 없다.